MMORPG『エルダー・テイル』に12番目の拡張パック〈ノウアスフィアの開墾〉が導入された日に、ログインしていた全世界のユーザーが、ゲームの舞台である〈セルデシア〉と酷似した異世界に突如転移してしまう。日本ではおよそ3万人がこの事態に巻き込まれた。この出来事は後に〈大災害〉と呼ばれるようになる。
ログアウトが不可能となり、死亡しても大神殿で再復活する閉じた世界となった『エルダー・テイル』内で冒険者達の混乱はピークに達し、多くの〈冒険者〉は無秩序となりPK(プレイヤーキラー)やNPCこと〈大地人〉からの略奪などが横行し、やがて大規模ギルドが幅を利かせる殺伐とした世界へと変わる。
そんな中、主人公のシロエは現実世界となった『エルダー・テイル』でのサバイバルを開始。ゲーム時代の旧友・直継や無口な美少女暗殺者・アカツキ、先輩格のにゃん太と再会し、新ギルド〈記録の地平線(ログ・ホライズン)〉を立ち上げ、殺伐とした世界を変える為に奮迅する。その後ミノリやトウヤなどの新人プレイヤーも加わり、シロエの「世界を変える戦い」はやがて他のギルドや大地人の王族をも巻き込んだ大きなものとなっていく。
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